《第二次超级机器人大战Z：再世篇》是超级机器人大战大战20周年的纪念作品之一，同时也是机战Z系列的最新一部。本作承接着前作《第二次超级机器人大战Z：破界篇》的内容，将会给第2次Z画上一个休止符。《第二次超级机器人大战Z：再世篇》中将会有6部机器人题材作品全新登场，使得本作的参战作品总数突破了前作《破界篇》，并创造了机战系列参战作品数量之最。此外，如果继承前作《破界篇》的存档数据的话，在游戏开始时还能得到相应的奖励。

这是破界事变（前作）一年之后，地球联邦诞生以来也经过了一个月。

　　敢达和黑骑士团等等反联邦势力在联邦压倒性军事实力面前相继败北，世界维持了表面的和平。另外由于神秘的时空震动封锁了黑暗大陆，再除去暂时被放下的局部地区纠纷问题，人们终于享受着到了久违的和平。但在这片和平之下某些人潜伏了他们的意图，人们并没有被意识到悲剧还会重复。

　　其中，因为次元兽的受害者再次增加，在新帝国インペリウム被消灭后失控的次元兽再次成为和以前一样的灾害。由于次元兽灾害日益严重，人们开始雇佣民营企业的次元兽猎人进行抵御。而现在，因为某个次元兽猎人的出现，战斗的帷幕又被重新拉开。