海珠校区

仲恺农业工程学院海珠校区原本为完整的一整块，后为仲恺路所分隔为南北两区。北区包含办公区、科研区、教学区、教工住宅区、学生生活区和体育运动区。南区主要为学生宿舍区和学生生活区，约280亩。

白云校区

仲恺农业工程学院白云校区位于广州市白云区钟落潭镇以东的广州第二大学城--钟落潭高校园区。校园处于群山环抱之中，风景优美，空气清新，约2200亩(建设中，已完成一期约900亩建设)。

番禺钟村农场

仲恺农业工程学院钟村农场位于广州市番禺区钟村，占地约500亩。