谢邀，在回答这个问题前，首先要澄清一个概念，就是阴阳五行学说不仅是中医理论，而是形成于春秋战国时期的两套哲学思想，阴阳理论和五行学说，阴阳理论源于易经，作重阐述事物对立统一平衡消长转化的关系。五行学说源于中国人取象比类的方法，重点讲各类事物间生克乘侮的关系。这些学说开始是服务于政治的，战国中后期统一的呼声已高，谁将取代周朝成为新的共主，需要新的理论支撑，邹衍的五德终始说应运而生。譬如按这一学说周朝尚火德，周朝气数已尽，按相克的原理，取而代之的必然是水德，秦尚水，秦一统天下以代周就名正言顺了。

中国很早就是农业社会，农业社会的一大特点就是动植物的生长活动与季节气候有很大的关系，所以中国人很早就注重两个学问，一是天文学，一是物候学，阴阳理论是天文学的结晶，五行学说是物候学的结晶，人是生命之体'，有着动植物一样的生物属性，所以很容易产生天人感应的观念，用阴阳五行学说来解释人体的生理病理现象很客易说得通，但是我们也必须认识到阴阳五行学说还是人类早期对自然的一种认识，它很抽象，宏观也很粗糙。越是宏观抽象的理论越显得无所不包，所以现代比较激进的国粹派，觉得现代一切科技进步老祖宗都说到了，那我们为什么不能靠着国学实现现代化呢?

现在回答提问的主题，其实这个问题英国学者李约瑟早就提出过，所以称为李约瑟难题，他编写了一套15卷本的《中国科学技术史》，然而他很郁闷，提出一个问题，"尽管中国古代对人类科技发展做出了很多重要贡献，但为什么科学和工业革命没有在近代中国发生。"这就是李约瑟难题的主要意思。

个人认为主要有四个方面的原因，一是地理原因，中华文化诞生于中原，中原沃野千里，江河纵横，适宜农业发展，但不适于战争防守，所以中国围绕农业的天文，历法，方位，耕具，防卫方面筑城，冷兵器，车马具的技术很发达。二是体制方面的原因，为了农业的稳定发展，中国很重视大一统，大一统对于河流灌溉，抵御天灾，物资调配很有好处，但也带来问题，就是社会管理的复杂性增大，所以为了维护社会稳定历代统治者都推行重农轻商，伦理教化的政策，国家垄断资源，打击奇技淫巧，士人注重科举，抑制了商品经济的发展，也抑制了科学创造的热情。三是历史原因，十四世纪至十七世纪是西方近代工业和科学理论的暴发期，而中国正经历元明清三朝，元清不谈，有明一朝也是恢复陈朱理学为已任。很多科技的萌芽譬如火器等都只是芸花一现，中国大院(大一统)一旦搭起来，内斗都忙不过来，天朝上国，外界皆为蛮夷，不屑一顾，没有商品经济，就没有扩张的动力，没有动力科技就没有需求。有人说如果郑和发现新大陆，就没有哥伦布们什么事，绝对不会，即便郑和到了新大陆至多跟印第安人喝餐酒，立块到此一游的碑，打道回府，讲讲黑齿国的故事，因为没有领土需求和市场意识。第四个原因是人口方面的原因。农业社会是劳动密集型产业，所以中国一直是人口大国，人多就生存不易，所以科技方面的知识被人们视为养家糊口的手艺，又没有知识产权保护，所以都秘而不宣。加上社会的荣誉，就是科举取仕一途，科技知识很难引起广泛的兴趣，而科技的发展往往需要整个社会和学科的相互启发，人们明白地球是圆的，才有环球航海，才有发现新大陆。科技发现往往依赖新工具的发现，没有玻璃，就没有透镜技术，没有透镜就没有显微镜，没有显微镜就发现不了细菌，发现不了细菌，就发现不了抗菌素。因此，中国在十四十七世纪忙于恢复汉人口和汉文化，没有商品经济和市场意识，错过了工业化和近代科学的机遇。另一点是语言和数学的问题，文言文和中文数字，防碍了知识的普及，也应是值得考虑的因素。

至于为什么阴阳五行学说会沦为算命术的工具，这很好理解，这两门学问一个讲规律，一个讲关系。讲规律就容易用于预测，讲关系就容易说明原因，人对命运的关注以帝王尤胜，因为家大业大，所以用算命去影响帝王古称为方士，也是一条攥取富贵荣耀的途径，在民间也是一门混饭的技能，从概率学讲胡说八道也有50℅的正确率，何况掌握一定规律和分类，这种正确率会显著提升。因此，今天很多学国学的都是冲着这种投机取巧的本事来的。