莫那死了，是自杀。最后猎人找到了莫那的尸体，电影分上下两集，结局在第二集（彩虹桥）

故事最后，日军使用飞机投掷路易氏毒气弹，演变成原住民以猎枪、番刀、木棍等原始武器，对抗飞机、大炮的局势。经过近一个月的激烈对峙，抗日族人死伤惨重；赛德克妇女此时也为了使自己孩子、丈夫无后顾之忧，于是纷纷先行上吊自缢；残存的男人们则在脸孔纹面，以赛德克记号，誓死抵抗、宁死不屈。

抗日战士反攻被日军占领的马赫坡，巴索·莫那、巴万·那威、乌布斯等战死，帮助日军作战的铁木瓦历斯也被抗日的原住民杀死。原本发誓要一天拿下雾社的镰田弥彦，至此也不得不衷心佩服原住民的骁勇善战。马红·莫那被日本医生救起，又被派去劝降达多·莫那。

达多·莫那拒绝投降，在赋予马红·莫那延续家族的使命后上吊自尽，莫那·鲁道在家人死后亦于森林里饮弹自尽。至此，原住民抗日行动正式告败。四年后，一名原住民猎人发现莫那·鲁道的尸体，同时看见战死的原住民英灵昂首阔步走过彩虹桥。