若尔盖湿地自然保护区的主要河流有嘎曲、墨曲和热曲，从南往北汇入黄河。北部和东南部山地系秦岭西部迭山余脉和岷山北部尾端，境内山高谷深，地势陡峭，主要河流有白龙江、包座河和巴西河。河流弯曲摆荡，蜿蜒曲折，牛轭湖星罗棋布，独成一湾风景。

沼泽若尔盖湿地自然保护区，四周群山环抱，中部地势低平，谷地宽阔，河曲发育，湖泊众多，排水不畅。同时这里气候寒冷湿润，年平均气温在零度左右，蒸发量小于降水量，地表经常处于过湿状态，有利于沼泽的发育。本区部分沼泽是由湖泊沼泽化形成的，如山原宽谷中的江错湖和夏曼大海子，湖泊退化后，湖中长满沼生植物，湖底有厚厚泥炭积累。