无孔类有一个只有眼晴和鼻孔的盒子般的颅骨，现存的龟类和灭绝的埋龙蜥目，前棱蜥目，锯齿龙目。

下孔类有轻巧的颅骨，眼孔鼻孔外带有额外的开孔-耳孔，包括盘龙目与兽孔类。 兽孔类是下孔类的一个分类，现存的哺乳类（哺乳目），貘头兽科，远古的二齿兽亚目，裂齿兽亚目，犬齿兽亚目均属兽孔类。

双孔类颅骨除鼻孔耳孔外，在眼孔后面有一对开口，它包括纤肢龙目，维吉梯龙科和古龙类的海龙目，原蜥类，原鳄类，引鳄科，新巴士鳄科，鳄类，鸟龙类，及调孔类。

调孔类是双孔类中的分类，它的一些开孔在陆上或水中可以调节，它包括鱼龙目，盾齿龙目，幻龙亚目，蛇颈龙亚目。