魔法少女奈叶第十五集打死人。AS篇中的事件之后10年，为了管理拥有足以动摇世界存在力量的危险技术“太古遗产”，时空管理局成立了新的部队「古代遺失物管理部·機動六課」（由前代 主角奈叶 菲特 疾风等精英组成） 某日，两位新成员“昴”和“蒂安娜”的加入成为了新故事的起点。在搜索古代遺失物「圣遗精石」的任务中「機動六課」遭遇了未知無人戦闘 機械人。