这两个的区别很大，一个属于机械范畴，一个属于电气范畴，两个专业在学校里也是两个不同的学院的专业的。

机械设计制造及其自动化 的专业课程有:机械制图、工程力学、机械设计基础、电工与电子技术、微型计算机原理应用、C语言、机械工程材料、制造技术基础、液压与气压传动、机械制造工艺学、控制工程、测试技术、数控技术、金属材料、模具设计与制造，特种加工技术、计算机辅助设计与制造、先进制造技术等。

而电气自动化学的主要是电气控制方面的知识，是隶属于电气工程学院的

本专业培养能够从事与电气工程有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发、经济管理以及电子与计算机技术应用等领域工作的宽口径"复合型"高级工程技术人才。

个人认为机械设计及自动化更好。因为这个专业找工作比较方便。