任天堂每次发售口袋妖怪版本都有两个版本啊，两个版本没有本质的区别，只是一些小地点或口袋妖怪不同，任天堂这样做是因为这个游戏原本是在掌机上玩的(可以联网)，为了增加购买率，玩家可以交换口袋妖怪。

如果你的意思是现在3ds为什么有两个口袋妖怪游戏，那么回答是：现在口袋妖怪3d有两个游戏，口袋妖怪x或y；口袋妖怪红宝石复刻版或蓝宝石复刻版。